Le nom Auneuil semble s'être formé à l'époque gallo-romaine de Alunus (Aulnes en latin) et ialos (clairière en gallo-romain) qui deviendra euil au cours des âges. Auneuil signifie donc la clairière des Aulnes.
Sur le territoire de la commune ont été retrouvés des outils de l'âge de la pierre polie, des traces du passage des romains qui ont d'abord utilisé la « clairière des Aulnes » comme campement lors des batailles contre les Bellovaques pendant la guerre des Gaules, puis comme point de passage pour une de leur voie de communication. Encore un peu plus proche de nous, des fragments de la dépouille d'un chef mérovingien ont été mis au jour.
- C'est au 11ème siècle que le chevalier ADELARD construit un château qui comporte une église, un prieuré et une tour, la tour Jules César. Cette tour résistera aux guerres et aux intempéries jusqu'en 1814. Le château qui se dressait juste derrière l'église, a été rasé par les armées anglaises lors d'une des nombreuses invasions qu'a subi le pays au cours de son histoire.
- 1239, Yves de Sinancourt, seigneur d'Auneuil participe à une croisade.
- 1346, un autre seigneur d'Auneuil va périr à la bataille de CRÉCY. Au 16ème siècle, Auneuil va vivre ses heures les plus noires avec une guerre que vont se livrer 2 familles : les MAILLY et les BARJOT. Pendant de nombreuses années, ces deux familles vont s'entretuer et il faudra l'intervention de l'état pour mettre fin à cette guerre.
- En 1680, Auneuil devient un marquisat, et jusqu'à la fin du 18ème siècle, la région est exclusivement agricole.
- C'est à partir de la fin du 18ème siècle et le début du 19ème qu'Auneuil va basculer dans le monde industriel. D'abord lesbriqueteries se développent, puis ce sera l'industrie de la tuile et de la céramique qui vont radicalement changer le visage d'Auneuil.
- Un temps d'arrêt à ce développement sera observé pendant la guerre de 1870. Auneuil est alors occupé par un escadron de cavalerie de l'armée prussienne. La paix revenue, les industries repartent et vont prendre leur plein essor avec l'arrivée du chemin de fer en 1875. Auneuil est alors relié à Beauvais et à Gisors.
- A sa mort en 1900, M. BOULENGER lègue à la commune une maison, de nombreux ouvrages, des pièces de collection et une somme d'argent qui servira à de nombreuses œuvres sociales. A ce jour, la maison, cédée au Département de l'Oise par bail emphytéotique, est gérée par cette collectivité.
- A partir de 1936 et ses congés payés, Auneuil devient aussi unedestination touristique, le train permet d'accéder facilement aux hauteurs d'Auneuil et à ses points de vue sur la vallée de l'Avelon.
- Pendant la 2ème guerre mondiale, nouvelle occupation, cette fois-ci par l'armée allemande qui installe une Kommandantur et un régiment d'infanterie. C'est un régiment anglais qui sera le premier au contact des occupants lors de la libération d'Auneuil. Il y aura des tués dans chaque camp.
- Après la guerre, les activités industrielles traditionnelles vont stagner puis progressivement régresser. Les années 60 voient une nouvelle vague d'immigration d'Afrique du Nord provoquée par la guerre d'Algérie. La ligne de chemin de fer est définitivement close et la commune inaugure sa zone industrielle moderne sur le terrain de Sinancourt.
- 1970, Auneuil se modernise, améliore son réseau d'assainissement, sa voirie.
- 1983, les tuileries ferment et une majorité des habitants d'Auneuil va alors commencer à travailler hors de la commune.
Aujourd'hui, la commune est dotée d'un collège moderne, d'une zone commerciale installée au pied de la cote du point du jour, et Auneuil continue son élan de rénovation et de modernisation, avec de nouvelles implantations dans la zone industrielle.